El agua, que es una molécula indispensable para la vida, tiene un papel preponderante en el procso fotosíntetico. Es absorbida por las raíces y el solvente que transporta las sales minerales en el interior de la planta. Durante la fotosíntesis, y en presencia de luz, las moléculas de agua que se encuentran dentro del cloroplasto se rompen en electrones, protones y oxígeno.

Los electrones del agua son utlizados para reponer los electrones que se desprenden de la clorofila durante la fase luminosa. Los protones sirven para formar un gradiente quimiosmótico para la formación del ATP. Cada átomo de oxígeno se une a otro (proveniente de otra moléculade agua) para formar oxígeno molecular que se libea a la atmósfera y constituye el oxígeno que respiramos.




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